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The
21st YPRC/BPRC Proteomics Workshop
2006년 1월 세계인간프로테옴 기구 (HUPO)의 Education & Training Center (Asia 지역 총괄)로 선정된 연세프로테옴연구센터에서는 제 21차 프로테오믹스 워크샵을 2007년 2월 5일부터 9일까지 5일간 1주일 코스로 진행합니다.
21차 워크샵 중점 추진방향
이번 21차 워크샵은 기존의 2-DE 및 non 2-DE의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법 교육뿐 만 아니라, 실제 실험과정에서 겪을 수 있는 문제점의 실무적인 해결책을 제공하는 것에 보다 큰 목적을 두고 있습니다. 샘플 수의 결정과정, 2-DE 이미지 분석과정, MS 및 MS/MS 데이터를 이용하여 단백질 동정결과의 얻는 과정에서 발생 가능한 문제점에 대해 연세프로테옴연구센터의 해결 노하우 등을 제시함으로써, 국내 프로테오믹스 분야의 질적 향상을 꾀하고자 합니다. 또한, MCP, Proteomics 등 주요 프로테오믹스 관련 논문의 게재에 필요한 최소 guideline에 대한 대처 방법 등 실질적인 부분에서 해당 분야 연구자들에게 도움을 드리고자 합니다.
개요
이번 워크샵에서는 지난 7년간 총 20차에 걸쳐 축적된 교육 노하우를 바탕으로, 총 9 단계의 lab과정 및 12차례의 강의가 진행될 예정입니다. Lab 과정에서는 수강자 본인의 샘플에 대한 2-DE 분석 전 과정을 직접 실시하게 되며, 강의과정을 통해서 proteomics분석 방법의 이론적 배경 및 문제점의 해결 방법을 교육받으실 수 있습니다. 2DE 분야의 새로운 경향으로 자리잡은 Narrow range 2DE와 DIGE 분석에 대한 내용을 들으시고, Free Flow Electrophoresis, ZOOM, Rotofor, MARC, IgY, ProteoPrep20 등의 prefractionation 과정과 non 2DE 기반 장비들인 LC-MS/MS, LC-MALDI, PF2D, 및 iTRAQ에 대한 소개와 demo 실험을 통해, non 2-DE 기법에 대한 응용 가능성을 미리 검토하시기 바랍니다.
Proteome Informatics 과정의 추가 배치
Proteome informatics session을 추가로 기획하여, MS, MS/MS spectrum 및 PTM 분석 결과를 이해하고, 활용하는 데에 필수적인 다양한 informatics tool에 대한 교육을 증강 실시합니다.
2-DE 이미지 분석과정
2-DE 프로테옴 분석에서 가장 중요한 과정 중의 하나인 2-DE image 분석을 위하여, Image Master Platinum 5.0 분석 프로그램을 개인별로 할당하여, 직접 프로그램을 사용하면서 교육받고, DIGE 분석용 프로그램인 Decyder 6.5 에 대한 소개도 들으실 수 있도록 하였습니다.
2007. 1. 2
연세프로테옴연구센터 (http://www.proteomix.org)
소장 백 융 기
워크샾 안내
- 일시: 2007년 2월 5일 ~ 2월 9일 (5 일간)
- 장소 및 주관기관: 연세대학교 연세프로테옴연구센터 (YPRC)
- 후원: 보건복지부 지정 질병유전단백체연구지원센터(BPRC), 한국인간프로테옴기구 (KHUPO), Agilent Korea Ltd., KDR ㈜, GE Healthcare 한국지사, 한국Pall 주식회사, ㈜ 자연과학, 한국바이오래드주식회사, ㈜ BMS, GeneBio (Swiss), CureBio, ㈜신코
- 강사진
1. 백융기 교수 (연세프로테옴연구센터 소장, HUPO 부회장, HPPP Co-Chair, HLPP/HPPP ?
Executive Committee Member (이사), Senior Editor (Proteomics 저널),
Editorial Board Member (MCP, Clincal Proteomics, Cancer Biomarker 저널 등)
2. 조상연 박사 (연세프로테옴연구센터 연구지원실장/연구교수)
3. 이은영 박사 (연세프로테옴연구센터 연구1팀장)
4. 실험 조교 (YPRC/BPRC 연구원)
이형주, 심근애 (LC-MS, PF2D),
정안성, 최은영 (In-gel digestion &
MALDI-TOF), 나근 (DIGE)
김혜영, 강민정 (Sample preparation, 2-DE, Image analysis),
권민석,
정슬기 (Proteome Informatics)
- 정원: 15명 이내
- 참가비: 연세프로테옴연구센터, 유전체연구센터 참여 연구원 - 110만원, 일반- 130만원
- 참가자에게 제공되는 혜택 (사정에 따라 변경 가능)
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1) |
강의교재 (강의 내용, 실험절차 모음 및 슬라이드 유인물 자료 등) |
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2) |
본인 샘플 2-DE 분석기회 제공 (1 paired sample) |
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3) |
수료증, 실험가운, USB 메모리 (512 Mb) |
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4) |
워크샾 기간중 중식, 무료주차 |
참가신청요령 및 등록마감일
첨부한 신청양식을 작성하셔서, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다.
o 담당자 (이은영):
![](http://211.32.65.139/email.php?e=HKnlK5RiT%2FCQVF2lf9%2FBWt6XrBu0EI4FqROZ4fVwO3QV0hbF1v97lahtgibSdHA%2B")
(02-2123-6625)
o 참가비 입금 및 영수증 발급, 샘플 준비 방법: 신청서를 받고 나서 개별 안내합니다.
o 샘플준비는 1월 26일 이전에 완료하셔야 합니다. 신청서 보내기전에 미리 문의하셨으면 합니다
o 신청 마감일: 2007년 1월 26일 (금요일) 오후 6시 까지
o 1월 2일 홈페이지, 이메일 공지 이후 신청자가 15명 정원초과시 선착순 마감합니다.
[ 신청서 다운로드 ]
참고 문헌
Lee HJ, Lee EY, Kwon MS, Paik YK.
Biomarker discovery from the plasma proteome using multidimensional fractionation proteomics.
Curr Opin Chem Biol. 2006 Feb;10(1):42-9. Epub 2006 Jan 18.
Young-Ki Paik, Seul-Ki Jeong, Eun-Young Lee, Pan-Young Jeong and Yhong-Hee Shim
Caenorhabditis elegans: an invaluable model organism for the proteomics studies of the cholesterol-mediated signaling pathway
Expert Review Proteomics, 2006, 3, 439-453 (August 1, 2006)
Sang Yun Cho, Eun-Young Lee and Young-Ki Paik (2006) Proteomic profiling of plasma samples by 2-dimensional electrophoresis. Methods in Mol. Biol. (textbook) Humana Pub. Co. (in press)
Byung-Kwon Choi, Yun-Kyung Shin, Eun-Young Lee, Pan-Young Jeong, Sun-Young Kim, Yhong-Hee Shim, and Young-Ki Paik (2006) Proteomic analysis of the sterol-mediated signaling pathways in C. elegans, Methods in Mol. Biol. (textbook), Humana Pub. Co. (in press)
Eun-Young Lee, Pan-Young Jeong, Sun-Young Kim, Yhong-Hee Shim, and Young-Ki Paik (2006) Effects of Sterols on the Development and Aging of Caenorhabditis elegans, Methods in Mol. Biol. (textbook), Humana Pub. Co. (in press).
Workshop 일정
(* 본 일정은 사정에 따라 예고없이 변경될 수 있습니다)
| Day 1 |
Monday, Feb 5, 2007 |
| 09:00 |
Registration, Coffee & Tea |
| 09:30 |
[Lecture 1]
Introduction to Recent Trends in Proteomics and Discovery of Biomarker (Young-Ki
Paik, Ph.D.) |
| 11:00 |
[Lab 1]Sample Preparation and Isoelectric focusing (IEF) |
| 13:00 |
Lunch |
| 14:30 |
[Lab 2] Gel Casting (Gradient
gel preparation) |
16:30
PART |
[Lecture 2 and Demonstration
1]Prefractionation (ZOOM, Rotofor, FFE) |
| 17:45 |
End |
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| Day 2 |
Tuesday, Feb 6, 2007 |
| 09:00 |
Coffee & Tea, Refreshment |
| 09:30 |
[Lab 3] Equilibration and
2DE Analysis of Samples (PART A) |
| 11:00 |
[Lecture 3 and Demonstration
2]Mass spectrometry Basics and Application of Nano LC-MS/MS system |
| 13:00 |
Lunch |
| 14:30 |
[Lecture 4]Breakthrough of Hurdles in Proteomics (2DE trouble shooting) |
| 16:20 |
[Lab 4]De-casting & Protein Detection (CBB) |
| 18:30 |
End |
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| Day 3 |
Wednesday, Feb 7, 2007 |
| 09:00 |
Coffee & Tea, Refreshment |
| 09:30 |
[Lecture 5 and Demonstration
3] ProteomeLab PF2D |
| 10:30 |
[Lecture 6] High throughput protein identification strategy based on MS/MS analysis |
| 12:30 |
Lunch |
| 14:00 |
[Lab 5]Image Capture |
| 16:00 |
Break |
| 16:15 |
[Lab 6] In-gel Digestion
for MALDI Analysis |
| 18:00 |
End |
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| Day 4 |
Thursday, Feb 8, 2007 |
| 09:00 |
Coffee & Tea |
| 09:30 |
[Lab 7] Desalting of peptide
mixtures (Poros) and MALDI plate spotting |
| 12:00 |
[Demonstration 4]AP-MALDI-TOF, 4800 MALDI-TOF/TOF |
| 13:00 |
Lunch |
| 14:30 |
[Lecture 7 and Lab
8]Image Convert, Compensation, Spot detection, Spot Pairing and Grouping (Image Master Platinum 5) |
| 17:00 |
[Lecture 8 and Demonstration
5]Introduction of labeling technique ? DIGE, SILAC (Typhoon 9400, Decyder6.5) |
| 18:00 |
End |
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| Day 5 |
Friday, Feb 9, 2007 |
| 09:00 |
Coffee & Tea, Refreshment |
| 09:30 |
[Lecture 9 ]Database search tips on PMF |
| 10:30 |
[Lecture 10]Proteome Informatics tools, Part I |
| 12:00 |
Lunch / Commencement / Photo |
| 14:00 |
[Lecture 11]Proteome Informatics tools, Part II |
| 15:00 |
[Lab 9 ] Practice of MALDI-MASS & DB search |
| 17:00 |
[Lecture 12]Instructions to authors (MCP guideline) |
| 19:00 |
End |
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Workshop 21 
2008 © Yonsei Proteome Research Center